Im Juni 1978 gab er im Vorfeld der von ihm angestrebten Parteigründung die Broschüre „Revolution ohne Revolution“ (Rewolucja bez rewolucji) heraus. Darin prophezeite er einen jähen Ausbruch des gesellschaftlichen Unmuts und schlug einen Plan zur friedlichen Demontage des kommunistischen Systems in fünf Etappen vor. „Bei der ganzen Angelegenheit“, so schrieb er, „geht es also darum, die provozierte soziale Explosion in Aktivitäten mit Massenbasis umzuwandeln, die sich auf drei Grundpfeiler stützen: Besetzungsstreik statt Konfrontation auf der Straße, allumfassender Streik in allen Regionen und Bereichen der Wirtschaft, Selbstorganisierung.“ „Revolution ohne Revolution“ stellte das informelle Programm der am 1. September 1979 gegründeten Konföderation Unabhängiges Polen (Konfederacja Polski Niepodległej; KPN) dar – der ersten politischen Oppositionspartei in Polen, seit in der Nachkriegszeit Stanisław Mikołajczyks Polnische Bauernpartei (Polskie Stronnictwo Ludowe; PSL) zerschlagen worden war. Moczulski wurde Vorsitzender des Politischen Rates der Partei, des höchsten Parteigremiums. Seine Wahl wurde vom Ersten Kongress der Konföderation Unabhängiges Polen im Juli 1980 bestätigt.
Zwischen 1976 und 1980 wurde Moczulski Dutzende Male von der Staatssicherheit verhaftet und jeweils für 48 Stunden festgehalten, immer wieder wurde seine Wohnung durchsucht. Im Sommer 1980 gab er angesichts der sich verstärkenden Arbeiterproteste in Polen die als Instruktion konzipierte Broschüre „Streiken in der Volksrepublik Polen – das Jahr 1980“ (Walka strajkowa w PRL – rok 1980) heraus, in der er zu Besetzungsstreiks und zur Aufrechterhaltung der Kommunikation zwischen den einzelnen bestreikten Betrieben aufrief.
Die radikalen Unabhängigkeitsforderungen der Konföderation wurden für die kommunistischen Machthaber besonders gefährlich, als mit der Solidarność eine wahre Massenorganisation entstand. Deshalb wurde Moczulski im September 1980 verhaftet und der Verleumdung der Staatsführung sowie des Versuchs eines gewaltsamen Umsturzes angeklagt. Im Juni 1981 wurde er aus dem Gefängnis beurlaubt, nachdem das Episkopat und das Komitee zur Verteidigung Politischer Gefangener der Solidarność interveniert hatten. Nach nur wenigen Wochen kam er jedoch erneut in Haft, was auf Druck der Sowjetführung geschah, die die Freilassung Moczulskis als Beleg für die sich „verstärkenden konterrevolutionären Stimmungen“ in Polen betrachtete.
Der im Juni 1981 begonnene Prozess gegen die Anführer der Konföderation Unabhängiges Polen (Leszek Moczulski, Tadeusz Jandziszak, Tadeusz Stański, Romuald Szeremietiew) dauerte 17 Monate und war damit der längste politische Prozess in der Geschichte der Volksrepublik. Im Oktober 1982 wurde Moczulski zu sieben Jahren Gefängnis verurteilt. Nach seiner Freilassung im August 1984 (im Rahmen einer Amnestie) machte er sich an den Wiederaufbau der in der Zeit des Kriegsrechts zerschlagenen Strukturen der Konföderation Unabhängiges Polen. Es gelang ihm tatsächlich, die Konföderation zu reaktivieren, wovon der im Dezember 1984 abgehaltene Zweite Kongress der Partei zeugte. Auf diesem Kongress wurde Moczulski erneut zum Vorsitzenden des Politischen Rates gewählt.
Zusammen mit weiteren führenden Vertretern der Konföderation wurde Moczulski im März 1985 erneut verhaftet, im April 1986 fand der sogenannte zweite Prozess gegen die Konföderation Unabhängiges Polen statt, in dem neben Moczulski auch Krzysztof Król, Andrzej Szomański, Adam Słomka und Dariusz Wójcik angeklagt waren. Moczulski erhielt vier Jahre Haft. Dank einer weiteren Amnestie kam er jedoch bereits im September 1986 wieder auf freien Fuß. In der ersten Hälfte des Jahres 1987 weilte er in Großbritannien, Frankreich und den USA, wo er für die Konföderation warb und seinen Gesprächspartnern darlegte, dass es erforderlich sei, sich auf einen baldigen Sturz des kommunistischen Systems in Polen und in den anderen Ländern des Ostblocks vorzubereiten. Moczulskis Reise durch westliche Länder war auch eine Fortsetzung seiner seit den 70er Jahren gepflegten Kontakte mit polnischen Exilkreisen. In seinem nach der Rückkehr nach Polen publizierten Text „Landschaft vor der Schlacht“ (Krajobraz przed bitwą, erschienen 1987 bei Wydawnictwo Polskie), der zugleich eine Polemik mit den Ansichten von Jacek Kuroń darstellte, schrieb er: „Das gegenwärtige Kräfteverhältnis und die gesellschaftlichen Stimmungen können relativ schnell zu einer gewaltsamen Destabilisierung führen.“ In diesem Zusammenhang formulierte als Aufgaben der Konföderation und der gesamten Opposition wie folgt: „Unser Hauptziel ist die Unabhängigkeit, und der Weg dorthin führt über den Wiederaufbau der Solidarność.“