Borusewicz trat im Juni 1978 gemeinsam mit Krzysztof Wyszkowski in dessen Wohnung in einen zehntägigen Hungerstreik, um sich solidarisch mit dem inhaftierten Blażej Wyszkowski zu zeigen, der im Gefängnis in den Hungerstreik getreten war (dieser war am 28. Mai während eines Treffens mit der „Robotnik“-Redaktion verhaftet und zu zwei Monaten Arrest verurteilt worden). 1979 formulierte er gemeinsam mit Kollegen vom „Robotnik“ die „Charta der Arbeiterrechte“ (Karta Praw Robotniczych), die das Programm der unabhängigen Gewerkschaftsbewegung enthielt.

Auch mit dem Kreis um die Bewegung Junges Polen (Ruch Młodej Polski; RMP) arbeitete Borusewicz zusammen. Ab 1977 war er der Hauptorganisator der Gedenkfeiern an die blutige Niederschlagung der Streiks und Demonstrationen im Dezember 1970 (vor der Gedenkveranstaltung 1979 wurde er verhaftet und für zwei Woche nach Warschau verbracht). Außerdem nahm er an von der Bewegung Junges Polen organisierten inoffiziellen patriotischen Veranstaltungen teil. Im Frühjahr 1980 organisierte er in Danzig eine Flugblattaktion, in der zum Boykott der Sejmwahlen aufgerufen wurde; es wurden ungefähr 30.000 Flugblätter verteilt, vor allem vor Kirchen.

Borusewicz war mitbeteiligt an der Vorbereitung des Streiks in der Danziger Lenin-Werft, der am 14. August 1980 begann; unter anderem verfasste er das Flugblatt (und druckte es gemeinsam mit Piotr Kapczyński) in dem zur Solidarität mit Anna Walentynowicz aufgerufen wurde, die ihren Arbeitsplatz verloren hatte. Er bestimmte aus den Reihen der mit den Freien Gewerkschaften verbundenen Arbeitern eine sogenannte Initiativgruppe mit Jerzy Borowczak, Bogdan Felski, Ludwik Prądzyński und Lech Wałęsa. Außerdem rief er drei Gruppen unter Jan Karandziej, Mieczysław Klamrowski und Tomasz Wojdakowski ins Leben, die Flugblätter zur Unterstützung von Anna Walentynowicz verteilten. Als sich der Streik auf der Werft am 16. August zu Solidarisierungsprotesten riesigen Ausmaßes auswuchs, kam Borusewicz bedeutender Einfluss auf die Entwicklung der Proteste, die Zusammensetzung des Präsidiums des Überbetrieblichen Streikkomitees (Międzykładowy Komitet Strajkowy, MKS) und die Formulierung der „21 Forderungen“ der Streikenden zu.

Selbst ging er nicht in das Überbetriebliche Streikkomitee, um – wie er sich später erinnerte – die Verhandlungen mit den Machthabern nicht zu erschweren: „Am Sonntag [17. August] holte ich früh die Forderungen. Ich sortierte sie neu, denn ihre Reihenfolge war eine taktische Frage. Die erste Forderung betraf die unabhängigen Gewerkschaften, die Aufhebung der Zensur, Sicherheit für die Streikenden. Ich strich die freien Wahlen, die Tadeusz Szczudłowski eingefügt hatte, hinaus. Ich strich auch die Forderung nach Aufhebung der Zensur, ersetzte sie durch ‚Begrenzung der Zensur‘ und fügte die Übertragung von Gottesdiensten im Rundfunk hinzu. Ich wusste, dass es auch in der DDR Gottesdienste im Radio gab, die Forderung also real war. Diese Forderung zielte auch in Richtung der Unterstützung durch die Kirche“ (aus „Dzień jedności“/Tag der Einheit, in: „Gazeta Wyborcza“ vom 19/20. August 2000).

Am 2. Oktober 1980 war er Mitglied des Präsidiums des Danziger Überbetrieblichen Gründungskomitees der Solidarność (Międzyzakłodowy Komitet Założycielski NSZZ „Solidarność“ Gdańsk), wo er sich mit der Organisationsfragen und Strategie der Gewerkschaft beschäftigte. Im Dezember 1980 und im März 1981 bereitete er eine Konzeption für den Fall einer Intervention von außen oder für die Ausrufung Ausnahmezustandes vor, und kümmerte sich um Verstecke für die Druckgeräte.

Bei den Wahlen zur Danziger Gewerkschaftsleitung im Juli 1981 kandidierte Borusewicz nicht und zog sich anschließend sogar völlig aus der Arbeit der Solidarność zurück. Der Grund hierfür war, dass er nicht mit dem immer autokratischeren Führungsstil Lech Wałęsas einverstanden war. Stattdessen nahm er an Treffen einer wałęsakritischen Fraktion teil, die sich um Joanna und Andrzej Gwiazda sammelte.

Als Borusewicz nach Ausrufung des Kriegsrechts am 13. Dezember 1981 interniert werden sollte, konnte er dem Verhaftungskommando der Staatssicherheit noch rechtzeitig entkommen. Am 15. Dezember hielt er sich auf der noch bestreikten Danziger Werft auf, führte die streikenden Studenten der Danziger Hochschulen dorthin und bereitete die Verteidigung der Werft vor. Borusewicz rechnete damit, den Streik bis zum 16. Dezember durchhalten zu können, an dem eine Großdemonstration gegen das Kriegsrecht vor der Werft angekündigt war. Als die Werft am Morgen des 16. Dezember von der Motorisierten Bürgermiliz ZOMO und vom Militär gestürmt wurde, konnte er entkommen. Mithilfe alter Kontakte begann Borusewicz daraufhin, die Arbeit der Solidarność im Untergrund aufzubauen. Am 24. Dezember tauchten in Danzig seine ersten Flugblätter auf, die zum Widerstand aufriefen. Die Auflage betrug 40.000 Stück. Auch das von Piotr Kapczyński bis Ende Dezember 1981 herausgegebene „Biuletyn Informacyjny“ (Informationsbulletin) trug seinen Namen.

Anfang Februar 1982 nahm Borusewicz mit Aleksander Hall und Bogdan Lis Kontakt auf, die ebenfalls untergetaucht waren. Sie beschlossen, das Solidarność- Bulletins für die Region Danzig künftig im Untergrund herauszugeben und Vertriebsstrukturen neu aufzubauen. Über Aleksander Hall bekam Borusewicz Kontakt zu Adam Hodysz, einem Offizier der Staatssicherheit, der mit der Danziger Opposition kooperierte. Am 16. März 1982 veröffentlichten Borusewicz, Aleksander Hall, Stanisław Jarosz, Bogdan Lis und Marian Świtek eine Erklärung über ihre Zusammenarbeit und gründeten kurze Zeit später, am 6. Mai, gemeinsam die Regionale Koordinierungskommission der Solidarność in Danzig (Regionalna Komisja Koordynacyjna NSZZ „Solidarność“ Gdańsk).

In der Frage der Organisationsstruktur im Untergrund, die seit Anfang 1982 lebhaft geführt wurde, trat Borusewicz für die Schaffung provisorischer Gremien ein: „Unserer Meinung nach kommt es darauf an, dem eine allgemeine Form zu geben, was große Teile der Gesellschaft tun oder tun wollen. Nicht der Gesellschaft unsere Meinung aufzwingen, aber ihr dabei helfen, Konzeptionen aus dem zu formulieren, was schon irgendwo gärt. […] Der Untergrund, das sind nicht nur irgendwelche Männer, die Appelle unterschreiben. Überhaupt macht die Trennung von Untergrund und Massen keinen Sinn. Aber wieso agieren wir dann im Untergrund? Deswegen, weil die Gesellschaft es so will. Wenn der gesellschaftliche Widerstand schwächer wird oder ganz versiegt, werden auch wir aufhören, unsere Arbeit zu tun.“

Als Bogdan Lis im Juni 1984 verhaftet wurde, vertrat fortan Bogdan Borusewicz den Bezirk Danzig in der landesweiten Führung der Untergrund-Solidarność, dem sogenannten Provisorischen Koordinierungsausschuss (Tymczasowa Komisja Koordynacyjna; TKK). „Nach der TKK-Sitzung ging er los, um mit eigenen Händen Flugblätter zu verteilen. Das ist so seine Art: er ist ein echter Kämpfer“, urteilte Jarosław Kaczyński später.