Nach 1989 engagierte sich Macierewicz in der Christlich-Nationalen Vereinigung (Zjednoczenie Chrześcijańsko-Narodowe). 1991–93 und 1997–2005 war er Abgeordneter des Sejm. Als Innenminister in der Regierung von Jan Oleksy setzte er von Dezember 1991 bis Juni 1992 die vom Parlament beschlossene Lustration um, mit der ehemalige Inoffizielle Mitarbeiter der kommunistischen Staatssicherheit aufgedeckt werden sollten, die nach 1989 hohe Staatsämter bekleideten. Die sogenannte Macierewicz-Liste mit Namen von Politikern, die vorgeblich mit der kommunistischen Geheimpolizei zusammengearbeitet haben sollten (darunter auch Staatspräsident Lech Wałęsa und der Parlamentspräsident, was jedoch nicht nachgewiesen wurde), löste ein politisches Erdbeben aus und führte zum Sturz der Regierung.

1995–97 war Macierewicz Vizepräsident der Bewegung für den Aufbau Polens (Ruch Odbudowy Polski) und ab 1998 Präsident der Katholisch-Nationalen Bewegung (Ruch Kaolicko-Narodowy). 2006 wurde er stellvertretender Verteidigungsminister, war für die Abschaffung des Militärgeheimdienstes zuständig und wurde Leiter der neu geschaffenen militärischen Spionageabwehr. Seit 2010 ist er als Abgeordneter der national-populistischen Partei „Recht und Gerechtigkeit“ (Prawo i Sprawiedliwość; PiS) Vorsitzender des Parlamentsausschusses zur Untersuchung der Flugzeugkatastrophe 2010 bei Smolensk, bei der der polnische Präsident und zahlreiche Führungspersönlichkeiten der Republik ums Leben kamen. Macierewiczs radikal-nationale und antisemitische Äußerungen – unter anderem in seiner als rechtsradikal kritisierten Zeitschrift „Głos“ – sorgten wiederholt für Kontroversen. Seit 2015 ist er erneut Verteidigungsminister im Kabinett von Beata Szydło.