Nach Unterzeichnung der Danziger Vereinbarung wurde Mazowiecki zum wichtigsten Berater Lech Wałęsas und der Landesverständigungskommission (Krajowa Komisja Porozumiewawcza; KKP) der Solidarność. Er stand für eine Politik des Augenmaßes, die forderte, die Herrschenden müssten allmählich an die Tatsache gewöhnt werden, dass sie es mit einer mächtigen, von ihnen unabhängigen Organisation zu tun hätten. Er ging von der Möglichkeit aus, dass die Machthaber auf Dauer die Existenz unabhängiger Gewerkschaften akzeptieren könnten, was allerdings Änderungen in der Regierungsarbeit zur Folge haben müsse. Zugleich verwies er auf die Grenzen in Bezug auf mögliche Systemveränderungen. Mazowiecki war dagegen, allzu radikale Forderungen vorzubringen und eine die Kommunisten provozierende Sprache zu benutzen. Später gab er zu Protokoll, damals sei es sein Wunsch gewesen, dass die Solidarność nicht nur wie ein Strohfeuer abbrenne wie in so vielen erhabenen Momenten der polnischen Geschichte, sondern dauerhaft bestehe und dadurch die Gesellschaft und die Gestalt des ganzen Landes verändern werde. In diesem Sinn arbeitete Mazowiecki mit den Gewerkschaftsführern zusammen und formte das Profil der Zeitung „Tygodnik Solidarność“ (Solidarność-Wochenblatt), dessen Redakteur er bis zur Verhängung des Kriegsrechts am 13. Dezember 1981 war, als die Zeitschrift verboten wurde.

Mazowiecki nahm an vielen Gesprächen mit der Regierungsseite teil. In Krisensituationen (beispielsweise im Zusammenhang mit der Registrierung der Solidarność im Oktober 1980 oder während der Polizeigewalt in der sogenannten Bromberger Krise im März 1981) erwies er sich als sehr ausdauernder Verhandlungspartner, der immer eine Ebene zur Verständigung suchte. Seine Position und seinen Einfluss hatte Mazowiecki nicht nur seinen persönlichen Eigenschaften und seinen engen Kontakten zu Lech Wałęsa zu verdanken, sondern vor allem seiner Verwurzelung in den meinungsbildenden Gremien der Warschauer und Krakauer Intelligenz, aus der die meisten Solidarność-Berater hervorgegangen waren.

Mit der Ausrufung des Kriegsrechts am 13. Dezember 1981 wurde Mazowiecki nach einer Sitzung des Solidarność-Landeskomission in Danzig festgenommen und durchlief mehrere Internierungslager (Strzebielinek, Jaworze, Darłówko). Am 23. Dezember 1982 kam er aus der Internierungshaft frei.

Im November 1983 übernahm Mazowiecki die Leitung des Programmrates des Warschauer Klubs der Katholischen Intelligenz, damals ein Ort der Begegnung für katholische Intellektuelle aus dem Solidarność-Umfeld. Der Programmrat wurde auf Betreiben der Behörden aufgelöst, nachdem er im Juni 1984 das Dokument „Zum Zustand des gesellschaftlichen Bewusstseins“ (Stan świadomości społecznej) veröffentlicht hatte. Darin wurde argumentiert, dass die Gesellschaft in den Solidarność-Jahren 1980/81 das Gefühl der Selbstbestimmung erlangt habe, weswegen eine Rückkehr zu einer Situation wie vor dem August 1980 unmöglich sei.

Mazowiecki beriet in jener Zeit in erster Linie Lech Wałęsa, in geringerem Maße war er auch für die konspirativen Strukturen der Gewerkschaft tätig. Er beteiligte sich an der Erarbeitung des umfangreichen Rapports „Polen fünf Jahre nach dem August“ (Polska 5 lat po sierpniu) und verfasste gemeinsam mit Bronisław Geremek eine politische Konzeption für den Dialog zum Erreichen einer politischen Vereinbarung mit dem Regime. Immer wieder hielt er in zahlreichen Kirchen Referate und wurde vom Staatssicherheitsdienst mehrfach verhaftet.