Direkt nach der Ausrufung des Kriegsrechts am 13. Dezember 1981 entkam Krupski der Internierung und hielt sich versteckt. Am 22. Oktober 1982 wurde er verhaftet und bis zum 8. Dezember in Lublin interniert. Er lehnte den Vorschlag der Staatssicherheit ab, „Spotkania“ offiziell herauszugeben.

Im Januar 1983 wurde Krupski in Warschau auf der Straße von der Staatssicherheit entführt, in die Puszcza Kampinoska, ein Waldgebiet nordwestlich von Warschau, verschleppt und dort mit einer phenolhaltigen Flüssigkeit übergossen, woraufhin er schwere Verätzungen erlitt. Ein nach dem politischen Umbruch 1994 durchgeführter Prozess führte zur Bestrafung der unmittelbaren Täter.

1990–92 war Krupski Direktor des Verlages „Editions Spotkania“ und 1991–93 Redaktionsmitglied der Wochenzeitschrift „Spotkania“. Er war 1992–95 als Experte in der außerordentlichen Parlamentarierkommission zur Untersuchung des Kriegsrechts und 1995–97 in der Parlamentarierkommission für die Anwendung des Verfassungsrechts (Komisja Odpowiedzialności Konstytucyjnej; KOK).

1993–2000 leitete Krupski den Verlag „Krupski und S-ka“, 2000–06 war er stellvertretender Präsident des Institut für Nationales Gedenken (Instytut Pamięci Narodowej; IPN) und anschließend Leiter der Behörde für Kriegsveteranen und Opfer von Repressionen (Urząd do spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych).

Janusz Krupski starb 2010 beim Absturz eines polnischen Regierungsflugzeuges in der Nähe der westrussischen Stadt Smolensk.