Anfang der 70er Jahre verband Lipski eine enge Zusammenarbeit mit Edward Lipiński, der seinerseits mehrmals mit Parteichef Edward Gierek zusammengetroffen war, um diesen in ökonomischen Fragen zu beraten. Diese Kontakte erwiesen sich als hilfreich bei den Bemühungen um die Rücknahme von Repressionen nach den Ereignissen im März 1968 und um die Freilassung politischer Gefangener, unter anderen der Mitglieder der antikommunistischen Organisation Ruch. Lipski war damals sehr an einer Integration verschiedener Oppositionskreise gelegen. Er knüpfte immer engere Kontakte zum Umfeld der Zeitschrift „Więź“ und zu den jungen Menschen der Kultursektion des Warschauer Klubs der Katholischen Intelligenz (wo sein Sohn Jan Tomasz aktiv war). In seiner Wohnung veranstaltete er Selbstlernzirkel, bei denen von der Zensur verzerrt dargestellte Themen aus der jüngsten Geschichte Polens erörtert wurden.
Im Herbst 1975 war Lipski einer der Initiatoren des Briefes der 59 gegen die geplanten Änderungen in der Verfassung der Volksrepublik Polen und auch des Briefes der 14 vom 14. Januar 1976, der sich gegen die Festschreibung des unverbrüchlichen Bündnisses mit der UdSSR in der Verfassung richtete.
Nach den Ereignissen im Juni 1976 ergriff Lipski die Initiative zur Unterstützung der von Repressionen betroffenen Arbeiter – die ersten für dieses Ziel verwendeten Geldmittel stammten aus der von ihm gesammelten Hilfsgelder für Oppositionelle. Lipski war eines der wichtigsten Gründungsmitglieder und dann einer der engagiertesten Aktivisten des Komitees zur Verteidigung der Arbeiter (Komitet Obrony Robotników; KOR). Er war Schatzmeister des KOR, fuhr zu den Gerichtsverhandlungen gegen die Arbeiter nach Radom und redigierte das „Komunikat“ (Kommuniqué) des KOR. Neben der ständig geleisteten Hilfe vonseiten der Barmherzigkeitsseelsorge bemühte sich Lipski darum, auch andere kirchliche Stellen zur Beteiligung an der Unterstützung für die Betroffenen zu bewegen – leider ohne sichtbare Resultate. Im November 1976 nahm er jedoch an einem Treffen von vier KOR-Vertretern mit dem Krakauer Kardinal Karol Wojtyła teil, was das polnische Episkopat dazu veranlasste, sich öffentlich für die Verfolgten einzusetzen.
Das KOR legte in seiner Arbeit Wert auf die moralische Seite des Kampfes: gegen das Unrecht, im Namen der Solidarität mit den Verfolgten, für die Verteidigung der Menschenrechte. Im Winter 1976/77 führte Lipski als Hauptvertreter des KOR Gespräche mit Leszek Moczulski und einer Gruppe ehemaliger Ruch-Aktivisten über die Gründung einer gemeinsamen Menschenrechtsorganisation. Im März 1977 gründeten Leszek Moczulski und Andrzej Czuma jedoch eine separate Organisation: die Bewegung zur Verteidigung der Menschen- und Bürgerrechte (Ruch Obrony Praw Człowieka i Obywatela; ROPCiO).
Vom Staatssicherheitsdienst wurde Lipski als einer der führenden Köpfe des KOR eingestuft, woraufhin die Leitung des Innenministeriums im Oktober 1976 vorschlug, ihn zu verhaften. Diese Vorgehensweise wurde hingegen von der Parteiführung nicht gutgeheißen; der Polnischen Vereinigten Arbeiterpartei war nicht an Prozessen gegen die KOR-Aktivisten gelegen, sie befürwortete indes zermürbende Aktivitäten gegen bestimmte Personen. Lipski war eine dieser Personen, die pausenlos schikaniert wurden: durch Abhören, Überwachung, Bespitzelung, Wohnungsdurchsuchungen und kurzfristige Festnahmen durch die Miliz. Von 1975 bis zum Herbst 1980 hatte er absolutes Publikationsverbot (das auch für wissenschaftliche Arbeiten galt), außerdem wurde es ihm unmöglich gemacht, sich öffentlich zu äußern (nicht einmal auf wissenschaftlichen Tagungen). 1975 habilitierte er sich, die Habilitation wurde vom Staat jedoch erst nach sechs Jahren bestätigt.