Während seiner Internierung deutete er das Kriegsrecht-Regime als klassische Okkupation und forderte die Formierung einer breiten Widerstandsfront mit einem einheitlichen disziplinierten Führungszentrum. In seinen „Thesen zu einem Ausweg aus einer ausweglosen Situation“ (Tezy o wyjściu z sytuacji bez wyjścia; erschienen im „Tygodnik Mazowsze“, Nr. 8/1982) brachte er im Februar 1982 einen Generalstreik ins Gespräch, forderte Aufklärungsarbeit unter den Angehörigen der Miliz und des Militärs sowie die Vorbereitung von Angriffen auf alle Macht- und Informationszentren im ganzen Land. Mit so einem Schlag könne es gelingen, den konservativen Teil des Machtapparates aufzubrechen und somit die Möglichkeit zu schaffen, zwischen einem Teil der Herrschenden und der organisierten Gesellschaft eine neue Form von Kompromiss auszuhandeln. Diese radikalen Thesen nahm er jedoch schon einige Wochen später zurück, als er die Notwendigkeit unterstrich, das Volk vor einem Blutvergießen zu bewahren. Zur Vorgehensweise empfahl er Demonstrationen, zivilen Ungehorsam und die Schaffung langfristig angelegter Untergrundstrukturen.

Im Juli 1984 kam Kuroń gemeinsam mit Adam Michnik, Zbigniew Romaszewski und Henryk Wujec vor Gericht. Der Prozess wurde jedoch bald eingestellt und die Angeklagten kamen gemeinsam mit anderen Inhaftierten im Rahmen einer Amnestie auf freien Fuß. In den Folgejahren war Kuroń Berater des Regionalen Exekutivausschusses Masowien (Regionalna Komisja Wykonawcza; RKW) und des Provisorischen Koordinierungsausschusses (Tymczasowa Komisja Koordynacyjna; TKK) der seit dem Kriegsrecht im Untergrund agierenden Solidarność. Er veröffentlichte weiterhin Beiträge für die Untergrundpresse und befand sich unter ständiger Überwachung durch die Staatssicherheitsbehörden. Nach einer Demonstration am 1. Mai 1985 wurde von einem sogenannten „Kollegium für Ordnungswidrigkeiten“ zu einer Arreststrafe von drei Monaten verurteilt.

Nach der Amnestie von 1986 sprach sich Kuroń für unterschiedliche Aktionsformen der Opposition aus, die sich durchaus auch im legalen Bereich bewegen sollten (unter anderem Entwicklung der Selbstverwaltung in den Betrieben, zugelassene Vereine und Ähnliches). Aber auch die Beratungs- und Informationstätigkeit für die konspirativen Strukturen sollte aufrechterhalten werden. Es ging ihm um eine Politik der kleinen Schritte, mit denen letztendlich große Ziele erreicht werden sollten. Ab Mai 1988 vertrat Kuroń die Meinung, allein die Wiederzulassung der Solidarność reiche als politisches Ziel nicht mehr aus. Der jüngste Wandel in der Sowjetunion ließen Forderungen nach einer perspektivischen Bildung einer Koalitionsregierung real erscheinen, die sich der Wirtschaftskrise annehmen und die großen politischen Reformen in Angriff nehmen müsse.

Ab 1987 arbeitete er an einem Gremium mit, aus dem im Dezember das Bürgerkomitee (Komitet Obywatelski) beim Vorsitzenden der Solidarność hervorging.

Bis zum Schluss betrachtete die polnische Staatsführung Kuroń als gefährlichen Radikalen, weswegen sie ihn während der vorbereitenden Gespräche zum Runden Tisch von den Verhandlungen ausschloss. Zu guter Letzt nahm er jedoch trotzdem an den Plenarsitzungen des Runden Tisches und an dessen Arbeitsgruppe „Politische Reformen“ teil, ebenso an einigen vertraulichen Verhandlungen. Kuroń war damit sogar einer der Autoren des 1989 am Runden Tisch erzielten Kompromisses. Bei den „halbfreien“ Wahlen wurde er am 4. Juni 1989 als Kandidat des Bürgerkomitees als Abgeordneter in das polnische Parlament (Sejm) gewählt.

Auch nach dem Ende des Kommunismus blieb Kuroń bis 2001 Sejm-Abgeordneter der Fraktionen Bürgerkomitee „Solidarność“, Demokratische Union (Unia Demokratyczna) und danach der Freiheitsunion (Unia Wolności). 1989/90 und 1992/93 war er Minister für Arbeit und Sozialpolitik, 1991–94 stellvertretender Parteivorsitzender der Demokratischen Union und ab 1995 der Freiheitsunion. Viele Jahre lang führte er den Vorsitz im Parlamentsausschuss für nationale Minderheiten.

Jacek Kuroń starb am 2004 in Warschau.